Trong giai đoạn này, mọi người đều thấy hiển nhiên là Pyotr không còn là một đứa trẻ; anh đang lớn lên và một ngày, chức vụ Phụ chính sẽ trở nên dư thừa. Sau 7 năm hành xử quyền lực, Sofia đã quen với vị thế này, và không thể tưởng tượng được việc từ bỏ nó. Tuy thế, cô thừa hiểu rằng cô là phụ nữ, và chức vụ của cô chỉ là tạm thời. Trừ khi bằng một cách nào đó, vị trí của cô được chính thức thay đổi, nếu không khi các em cô lớn lên, cô sẽ phải bước xuống.

Thật ra, Sofia đã có vài động thái để cải thiện vị trí của mình. Ba năm về trước, năm 1686, lúc ký hòa ước với Ba Lan, Sofia đã lợi dụng sự ủng hộ các chính sách của cô để dùng danh hiệu "chuyên chế", là danh hiệu chỉ áp dụng cho Sa hoàng. Kể từ ngày ấy, danh hiệu này được ghi cùng với tên cô trên mọi công văn và tại những buổi lễ nơi công cộng, đặt cô lên ngang hàng với hai đồng-Sa hoàng Ivan V và Pyotr I. Tất nhiên, mọi người đều biết rằng cô không được ngang hàng, vì cô không được đăng quang như Ivan và Pyotr. Nhưng Sofia hy vọng cô có thể được đăng quang.

Vào mùa hè 1687, cô ra lệnh cho Shaklovity dọ hỏi Cấm vệ sẽ ủng hộ cho cô đăng quang hay không nếu Golitsyn thắng trận. Shaklovity đi xa hơn chỉ thị: khuyến khích Cấm vệ thỉnh nguyện lên hai đồng-Sa hoàng cho phép đăng quang cô chị. Nhưng, với tinh thần bảo thủ, Cấm vệ chống đối. Thế là ý đồ của Sofia đành phải gác lại trong một thời gian.

Nhưng ý đồ vẫn còn, qua một bức chân dung của Sofia cho thấy cô ngồi một mình, đầu đội vương miện, tay cầm quả cầu cắm thánh giá và vương trượng – tất cả là biểu tượng của một Sa hoàng. Thêm nữa, danh hiệu được ghi là "Đại Công tước và Chuyên chế" và có 4 câu của tu sĩ Sylvester Medvedev ca ngợi và so sánh cô với Nữ hoàng Pulcheria của Byzantium và Nữ hoàng Elizabeth I của Anh. Bản sao của bức chân dung được phân phối ở Moskva và khắp châu Âu.

Đối với nhóm quý tộc ủng hộ Pyotr và Natalia, việc sử dụng danh hiệu và biểu trưng hoàng gia là dấu hiệu đe dọa không thể chấp nhận được. Họ đoán cô định đăng quang, cưới Golitsyn và hạ bệ hai đồng-Sa hoàng hoặc chỉ hạ bệ Pyotr theo cách nào đó. Không ai biết chắc liệu đây đúng là ý định của Sofia hay không. Cô đã đạt được nhiều quyền hành nên có thể cô thực sự mơ xa hơn đến quyền lực tuyệt đối bên người tình. Tuy nhiên, không có bằng cớ gì cho thấy cô định hạ bệ Pyotr; riêng Golitsyn luôn tránh né vấn đề: ông vẫn còn có vợ.

Sự đối đầu giữa Pyotr và Sofia về lâu dài là không tránh khỏi, nhưng kết quả tồi tệ của chiến dịch Krym thứ hai thúc đẩy vụ việc đến nhanh hơn. Khi nào mà chính quyền của Sofia thành công thì khó mà thách thức cô, nhưng hai chiến dịch của Golitsyn còn tệ hại hơn thất bại về quân sự: những kẻ thù của Sofia nhận thấy rõ ràng mối quan hệ giữa Phụ chính và viên Tư lệnh chiến dịch.

Không bên nào muốn ra tay trước kẻo bị thất thế về tiếng tăm đạo đức. Bề ngoài, Pyotr không có lý do chính đáng nào để tấn công hai người chị và anh cùng cha khác mẹ ở Kremli. Tương tự, Sofia không thể viện cớ gì để tấn công Pyotr ở Preobrazhenskoe: anh đang là một Sa hoàng.

Hai bên đều không biết chắc thực lực của mình. Sofia có lợi thế về quân số: phần lớn Cấm vệ đều theo cô, cộng thêm Khu Ngoại ô Đức. Lực lượng của Pyotr nhỏ hơn nhiều: chỉ có hai đội quân chơi đùa gồm 600 người, và có thể được Lữ đoàn Sukharev của Cấm vệ ủng hộ. Tuy thế, Sofia có điểm yếu: cô không bao giờ biết chắc Cấm vệ trung thành với mình đến đâu, và cô lo sợ quá đáng lực lượng nhỏ của Pyotr. Trong mùa hè này, mỗi khi đi đâu cô đều dẫn theo một lực lượng Cấm vệ hùng hậu. Cô ban thưởng cho họ một cách hào phóng và kêu gọi họ đừng bỏ rơi cô, hãy ủng hộ cô...

Cuộc khủng hoảng bùng nổ vào ngày 17 tháng 8 năm 1689. Đầu mùa hè này, trong khi Golitsyn đang đi chinh chiến, Sofia có thói quen đi bộ đến các nhà thờ và tu viện kế cận Moskva để hành lễ. Chiều ngày 17, cô yêu cầu Shaklovity chuẩn bị đoàn Cấm vệ hộ tống cô đến Tu viện Donskoy, cách Kremli gần 4 kílômét. Vì lý do đã có một án mạng xảy ra gần tu viện, toán quân hộ tống được điều đến Kremli đông hơn và được trang bị kỹ hơn thường lệ. Khi đoàn quân đóng trại trong Kremli, một lá thư nặc danh được lan truyền trong hoàng cung cảnh báo rằng vào đêm này, lực lượng Preobrazhenskoe của Pyotr sẽ tấn công Kremli và có ý định giết Sa hoàng Ivan và Phụ chính Sofia. Không ai chịu bỏ thì giờ điều tra thực hư; có thể Shaklovity đã ngụy tạo lá thư ấy. Điều dễ hiểu là Sofia trở nên vô cùng bấn loạn. Để giúp cô an tâm, Shaklovity ra lệnh đóng các cổng ra vào Kremli và triệu thêm Cấm vệ vào canh gác.

Cùng lúc ấy, tin tức về sự xáo trộn ở Moskva gây nên kích xúc tại Preobrazhenskoe nhưng không dẫn đến biện pháp đề phòng đặc biệt nào. Vào buổi tối, một thuộc hạ của Pyotr phi ngựa vào thành phố mang theo một công văn thông thường của Sa hoàng Pyotr gửi cho Kremli. Vì lo lắng và kích xúc quá đáng, vài lính Cấm vệ hiểu lầm ý định của người này, nên kéo anh xuống ngựa, đánh đập anh và lôi anh vào trong hoàng cung để gặp Shaklovity. Việc hành hung nhỏ nhoi này gây hậu quả tức thì và không ai lường trước được. Hai mật báo viên được phái đi khẩn cấp để báo động cho Pyotr.

Tình hình vẫn yên ắng tại Preobrazhenskoe, rồi sau nửa đêm hai kỵ binh phi vào. Pyotr đang ngủ, nhưng một cận thần xông vào phòng và hô to lên rằng Sa hoàng phải chạy trốn để bảo tồn tính mạng, Cấm vệ sắp đến. Pyotr nhảy ra khỏi giường, được một nhóm nhỏ hộ tống đến Tu viện Troitsky, cách Moskva hơn 70 kílômét về hướng đông-bắc.

Sự kiện kinh khủng trong đêm gây ảnh hưởng thảm hại cho người thanh niên 17 tuổi. Trong 7 năm, Pyotr luôn có ác mộng về việc Cấm vệ săn lùng dòng họ Naryshkin. Vì quá mệt mỏi và kích xúc anh khóc òa lên, nói rằng người chị đang lùng giết anh và cả dòng họ anh. Trong khi đó, nhiều người khác cũng đến Troitsky. Trong vòng hai giờ, Natalia Kirillovna Naryshkina (mẹ) và Evdokiya Fyodorovna Lopukhina (vợ) đi đến tu viện; cả hai đã được đánh thức rồi được binh lính chơi đùa của Pyotr hộ tống khẩn cấp rời Preobrazhenskoe. Sau đó, Lữ đoàn Sukharev của Cấm vệ ở Moskva cũng đến gia nhập.

Vào buổi sáng, khi Sofia nghe báo tin, Sofia cảm thấy lo lắng. Cô thấy rõ là vụ việc có tầm quan trọng. Bị thúc đẩy bởi sự nguy hiểm giả tạo, Pyotr đã có động thái cả quyết. Tu viện Troitsky không phải chỉ là một pháo đài đủ vững chắc để chịu đựng đạn pháo; đây còn là chốn linh thiêng nhất nước Nga, là nơi ẩn náu truyền thống của hoàng gia trong những thời điểm bị nguy hiểm nhất. Bây giờ, nếu phe của Pyotr tạo ra hình ảnh Sa hoàng trốn chạy đến Troitsky để huy động người Nga chống lại kẻ phản loạn, họ sẽ có lợi điểm rất lớn.

Được an toàn trong pháo đài vững chắc này và được nhóm binh lính chơi đùa cùng Cấm vệ trung thành bảo vệ, Pyotr và cận thần hoạch định kế sách phản công. Động thái đầu tiên của họ là cử một liên lạc viên đến Sofia, hỏi tại sao có nhiều binh lính Cấm vệ được điều đến Kremli ngày hôm trước. Đây là một câu hỏi khó cho Sofia. Khi hai bên vẫn còn tỏ lộ bề ngoài mọi thái độ hòa hoãn, Sofia không thể trả lời rằng cô sợ bị Pyotr tấn công. Cô trả lời với lý do là cần đội Cấm vệ để hộ tống cô đi đến Tu viện Donskoy. Câu này nghe ra không ổn: chuyến đi như thế không cần đến cả ngàn binh sĩ hộ tống, và phe của Pyotr càng tin rằng cô có mưu đồ xấu.

Động thái kế tiếp của Pyotr là ra lệnh Lữ đoàn trưởng của Lữ đoàn Stremyani có danh giá, Đại tá Ivan Tsykler, đến Troitsky trình diện cùng với 50 binh sĩ. Đối với Sofia, mệnh lệnh này có ý nghĩa nghiêm trọng: Tsykler là một trong những người trung thành với cô nhất. Nếu cho phép ông đi và nếu ông bị tra tấn mà khai ra những gì ông biết về âm mưu của Shaklovity, sự rạn nứt giữa cô và Pyotr sẽ không thể hàn gắn được. Tuy thế, cô không có chọn lựa nào khác. Pyotr là Sa hoàng, đây là một vương lệnh, bất tuân có nghĩa là thách đố công khai. Khi đi đến Troitsky, Tsykler khai ra tất cả mà không cần đến tra tấn. Nhận thấy vị thế của Pyotr đang nổi lên, ông tỏ ý muốn gia nhập phe của Pyotr nếu chỉ cần Sa hoàng này ra lệnh bảo vệ ông.

Từ lúc đầu, Sofia đã nhận ra thế yếu của cô. Nếu lực lượng hai bên phải đánh nhau, chắc chắn Pyotr sẽ thắng; biện pháp duy nhất của cô là hòa giải. Nếu cô có thể thuyết phục Pyotr trở về Moskva, tách anh ra khỏi sự bảo vệ của bức tường thành vững chắc kia, lúc ấy cô có thể đối phó với những cận thần của anh, rồi cô vẫn sẽ là Phụ chính. Theo kế sách này, cô phái Hoàng thân Troekurov, có con trai chơi thân với Pyotr, đi thuyết phục Pyotr. Sứ mệnh của Troekurov bị thất bại. Pyotr hiểu rõ lợi điểm khi lưu lại Troitsky, và anh phái Troekurov quay về với câu trả lời rằng anh không còn muốn chịu sự sai khiến của một phụ nữ.

Đến lượt Pyotr đi nước cờ kế tiếp. Anh tự tay viết thư cho các lữ đoàn trưởng Cấm vệ, ra lệnh cho họ phải đến trình diện tại Troitsky cùng với 10 binh sĩ của mỗi lữ đoàn. Khi tin này đến Moskva, Sofia phản ứng một cách dữ dội. Cô triệu tập các lữ đoàn trưởng Cấm vệ, cảnh cáo họ không nên can dự vào cuộc tranh chấp giữa hai chị em cô, ai có ý định đi Troitsky sẽ bị chém đầu. Vasily Golitsyn, người vẫn còn nắm quyền chỉ huy quân đội, ra chỉ thị không sĩ quan nước ngoài nào được phép rời Moskva với bất cứ lý do gì. Vì những lời ngăn chặn này, các lữ đoàn trưởng Cấm vệ và sĩ quan nước ngoài vẫn ở lại Moskva.

Ngày kế, Pyotr gia tăng áp lực bằng cách gửi thư đến Sa hoàng Ivan và Sofia, thông báo anh đã ra lệnh cho các lữ đoàn trưởng Cấm vệ đến trình diện tại Troitsky. Anh yêu cầu Sofia, với tư cách Phụ chính, phải đảm bảo mệnh lệnh của anh được thi hành. Sofia phái thầy giáo của Ivan và giáo sĩ nghe xưng tội của Pyotr đi đến Troitsky để trả lời rằng Cấm vệ sẽ đến muộn, và tỏ ý hòa giải. Hai đặc phái viên trở về tay không. Trong lúc này, Shaklovity phái trinh sát đến Troitsky để thăm dò tình hình và nhận định thành phần đi theo Pyotr. Họ trở về báo cáo là lực lượng của Pyotr ngày càng lớn mạnh và tự tin. Thật ra, Shaklovity chỉ cần triệu tập người bên phe mình mỗi buổi sáng sẽ nhận ra rằng mỗi đêm càng có thêm người bỏ trốn để đi đến Troitsky.

Sofia cầu cứu Giáo chủ Joachim đi đến Troitsky và dùng ảnh hưởng của ông để giúp hòa giải với Pyotr. Giáo chủ đồng ý, và khi đến nơi, lập tức đứng về phe của Pyotr. Sau đó, khi có thêm người từ Moskva đi đến Troitsky, họ được Sa hoàng và Giáo chủ đứng bên nhau mà tiếp đón. Việc Giáo chủ ngả theo phe Pyotr là đòn đau cho Sofia. Nhiều người noi gương ông. Nhưng phần lớn Cấm vệ và công dân có thế lực ở Moskva vẫn còn ở trong thành phố, không biết phải làm sao, trông chờ thêm dấu hiệu cho thấy bên nào sẽ thắng thế.

Ngày 27 tháng 8, Pyotr đi nước cờ kế tiếp. Anh gửi thư với lời lẽ nghiêm khắc, lặp lại lệnh cho các lữ đoàn trưởng Cấm vệ phải lập tức đến trình diện tại Troitsky cùng với 10 binh sĩ của mỗi lữ đoàn. Một vương lệnh tương tự triệu nhiều đại diện nhân dân Moskva. Lần này, ai không tuân lệnh có thể bị tử hình. Các lệnh này có uy lực mạnh mẽ, nên một toán Cấm vệ ô hợp do năm đại tá chỉ huy đi đến trình diện Sa hoàng.

Sofia trở nên tuyệt vọng vì không thể ngăn chặn đoàn người đổ xô đến Troitsky. Trong nỗ lực cuối cùng nhằm giải quyết cơn khủng hoảng qua hòa giải, cô quyết định thân hành đến Troitsky và giáp mặt Pyotr. Khi đến một ngôi làng cách tu viện khoảng 13 kílômét, cô gặp một đại đội binh sĩ thành hàng ngang qua con đường, Họ cho biết Sa hoàng Pyotr từ chối gặp cô, cấm cô đi đến Troitsky, yêu cầu cô quay lại Moskva lập tức nếu không họ có thể dùng vũ lực.

Vô vọng và nhục nhã, Sofia rút lui. Về đến Moskva trước bình minh ngày 11 tháng 9, cô triệu tập nhóm nhỏ những người ủng hộ cô còn ở lại. Giọng của cô trở nên gần như là cuồng loạn, nói rằng cô suýt bị giết, các dòng họ Naryshkin và Lopukhin đang có âm mưu sát hại Sa hoàng Ivan và ngay cả cô... Cô kêu gọi người còn ở lại tuân phục cô, không đi đến Troitsky...

Pyotr và cận thần của anh tiến thêm một bước. Trong vòng vài giờ sau khi Sofia về đến Moskva, Đại tá Ivan Nechaev từ Troitsky về mang theo thư gửi Sa hoàng Ivan và Phụ chính Sofia, chính thức tố cáo có một âm mưu hãm hại Sa hoàng Pyotr và tuyên bố những người cầm đầu chủ chốt là Shaklovity và Medvedev – là những kẻ phản quốc, cần phải bị bắt giữ lập tức và giải đến Troitsky để được phán xử. Những bức thư này tạo nên cú sốc lan khắp hoàng cung. Những nhân viên và sĩ quan đã đứng sau Sofia với hy vọng là cô sẽ thắng hoặc sẽ có hòa giải, giờ hiểu rằng họ có nguy cơ bị tiêu tan sự nghiệp hoặc bị án tử hình. Những binh sĩ Cấm vệ vẫn còn trung thành với Phụ chính càu nhàu rằng họ sẽ không che chở kẻ phản quốc, phải giao nộp người chủ mưu...

Bị cô lập, Sofia cố gắng lần cuối để tập họp những người ủng hộ cô. Bước ra đầu Cầu thang Đỏ, cô nói chuyện với một nhóm Cấm vệ và cư dân trong khu hoàng cung. Cô ngẩng cao đầu, trong một bài diễn văn khá dài tỏ ý thách thức dòng họ Naryshkin và van nài cử tọa đừng bỏ rơi cô. Cô cho là kẻ có tâm địa xấu đã tìm mọi cách khiến cho cô và Sa hoàng Ivan tranh chấp với em trai cô. Họ cố tình gây chia rẽ... Họ ganh tỵ với thành quả to lớn của Fyodor Shaklovity..., vu cáo ông là thủ lĩnh một âm mưu không có thật. Cô đã đi Troitsky nhằm giải quyết vấn đề và tìm hiểu lý do của lời vu cáo này, nhưng bị đám cố vấn xấu ngăn chặn... Cô đã phục vụ tốt trong bảy năm, đã thực hiện một nền hòa bình nổi tiếng và đích thực với Cơ đốc giáo... Cô tin tưởng mọi người sẽ không mắc mưu kẻ địch... Họ không phải muốn lấy mạng của Fyodor Shaklovity, mà là mạng của cô và Sa hoàng Ivan... Ba lần trong ngày, Sofia phát biểu như thế, trước nhất với Cấm vệ, kế đến với những công dân hàng đầu ở Moskva, sau cùng là với sĩ quan nước ngoài được triệu về từ Khu Ngoại ô Đức. Lời hiệu triệu của cô có hiệu quả; tinh thần của người nghe dường như được yên ổn hơn.

Pyotr đi thêm nước cờ nữa, vẫn để gây áp lực lên Sofia. Ngày 14 tháng 9, ông gửi một bức thư thông báo cho tất cả tướng lĩnh, sĩ quan nước ngoài về âm mưu phản quốc, ra lệnh tất cả đi đến Troitsky. Họ cảm thấy khó nghĩ: họ nhận hợp đồng để phục vụ triều đình, nhưng trong tình hình rối reng như thế này, ai là triều đình? Cố gắng giữ trung lập trong một cuộc cãi vã có tính cách nội bộ gia đình giữa hai chị em, tướng Patrick Gordon, người cầm đầu các sĩ quan nước ngoài, đã tuyên bố rằng nếu không có lệnh của cả hai Sa hoàng, sĩ quan của ông sẽ không làm gì cả. Bây giờ, lệnh của Pyotr bắt buộc ông phải cố xử lý vấn đề. Đêm ấy, ông dẫn một đoàn kỵ binh gồm các sĩ quan nước ngoài đi đến tu viện.

Sự ra đi của sĩ quan nước ngoài đã quyết định tất cả. Nhóm Cấm vệ còn lại ở Moskva nhận ra rằng Pyotr đã thắng. Để tự cứu mình, họ tụ tập trước hoàng cung đòi hỏi giao Shaklovity cho họ để họ giải đến Troitsky cho Sa hoàng Pyotr. Sofia khước từ, và nhóm Cấm vệ la ó: "Bà nên giải quyết vụ việc ngay lập tức! Nếu bà không giao hắn, chúng tôi sẽ gióng chuông báo động!" Sofia hiểu ý nghĩa của việc này: bất kỳ ai cũng có thể bị giết, kể cả cô. Cô đã thất bại. Cô cho triệu Shaklovity, lúc ấy cùng với Ivan Naryshkin đang lẩn trốn trong một nhà nguyện hoàng cung. Rơi nước mắt, cô giao nộp Shaklovity, và đêm ấy ông này được giải đến Troitsky.

Sau khi trừ khử những người ủng hộ Sofia, vấn đề chủ chốt là xử lý Sofia như thế nào. Cô đơn, không có ai thân thiết kề bên, Sofia chờ nghe tin về số phận của mình. Shaklovity đã không khai gì để cho thấy cô có âm mưu loại Pyotr khỏi ngai vàng, lại càng không có ý định sát hại anh. Chỉ có lời khai nặng nề nhất rằng cô có biết đến ý đồ hãm hại vài người trong phe Pyotr, và rằng cô có tham vọng cùng cai trị với hai em trên cương vị chuyên chế thay vì là Phụ chính. Tuy nhiên, đối với Pyotr như thế là đủ. Ông gửi thư cho Ivan đề nghị cả hai cùng trị vì mà không có sự can dự của "người thứ ba đáng xấu hổ này." Anh kết luận rằng Ivan vẫn là Sa hoàng thứ nhất – "Tôi sẵn sàng tuân phục Ngài như đã tuân phục cha tôi."

Không có uy lực để khước từ, Ivan đồng ý. Một vương lệnh được ban ra, xóa tên của Sofia trong mọi công văn. Sofia phải vào Tu viện Novodevichy ở ngoại ô thành phố. Cô không bị bắt buộc phải trở thành nữ tu, được cấp nhà ở tiện nghi; một nhóm gia nhân đông đảo sẽ đi theo cô, cô sẽ sống cuộc đời thoải mái, chỉ có hạn chế là cô không được rời khỏi tu viện và chỉ những người dì và em gái được quyền thăm viếng. Sofia được hộ tống theo nghi lễ đi đến tu viện, để sống 15 năm còn lại của đời cô.